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"…A criação dum Parque Nacional na ilha da Madeira representará tanto no sentido nacional, como internacional, uma obra de valor inestimável, e a 1ª Conferência Nacional da Proteção da Natureza, hoje aqui iniciada, tem exatamente como principal objetivo estudar as condições em que tal poderá ser conseguido."
Eng.º Baeta Neves
Presidente da Direção da Liga para a Proteção da Natureza
Funchal, 10 de Abril de 1950
Se, em 1950, já se levantaram vozes sugerindo a criação dum parque para a preservação da natureza na Ilha da Madeira, foi na década de 70 que foram efetuados os levantamentos e estudos para a classificação duma área de parque natural, nesta ilha.
 
Em 10 de Novembro de 1982, veio a ser criado o PNM pelo Decreto Regional n.º 14/82/M, tendo por principais objetivos proteger a natureza, a biodiversidade, o equilíbrio ecológico e a paisagem, bem como, promover a qualidade de vida, salvaguardando um vasto património natural que constitui uma relíquia a nível mundial e inclui espécies em risco de extinção, bem como, a preservação de algumas áreas humanizadas de elevada qualidade estética e paisagística e de valiosos de saberes.
 
Em 1992, a Laurissilva foi classificada de Reserva Biogenética pelo Conselho da Europa sendo, em 1999, incluída na lista do Património Natural Mundial da UNESCO, o único Património Natural Mundial de Portugal.
 
Em 2001, foi integrada como Sítio de Importância Comunitária da Rede Ecológica Europeia Natura 2000 e, no âmbito da Diretiva Aves, é Zona de Proteção Especial. Em 2009, e após a aprovação do seu Plano de Ordenamento e Gestão, passou a Zona Especial de Conservação.
 
O Maciço Montanhoso Central, totalmente integrado no PNM como Reserva Geológica e de Vegetação de Altitude, foi classificado, em 2001, como Sítio de Importância Comunitária da Rede Ecológica Europeia Natura 2000, passando em 2009, e após a aprovação do seu Plano de Ordenamento e Gestão, a Zona Especial de Conservação. Ao abrigo da Diretiva Aves, a sua parte oriental é Zona de Proteção Especial.
 
Desde a criação do PNM, a parte terrestre da Ponta de São Lourenço está inserida na sua área.
Em 1996, dada a importância deste território e de modo a preservar o seu valioso património natural, o Governo Regional da Madeira adquiriu os terrenos que compõem a Ponta de São Lourenço, a partir do denominado Paredão da Baía d’Abra, incluindo a Casa do Sardinha. Desde então, esta casa funcionou como estação de observação e vigilância do PNM, onde uma equipa de vigilantes da natureza exerce as suas funções.
Desde Junho de 2010, este espaço encontra-se aberto ao público, tendo sido remodelado num Centro de Receção a visitantes.
  
Desde 2001, esta área terrestre em conjunto com a área marinha adjacente, na costa norte (desde o extremo este do Ilhéu do Farol até à Ponta do Espigão Amarelo), até à batimétrica dos 50 metros, integra a Rede Natura 2000, inicialmente como Sítio de Importância Comunitária. Com a aprovação do Plano de Ordenamento e Gestão, a sua classificação passou a Zona Especial de Conservação.
 
Em 2014 foi criada uma Zona de Proteção Especial cujos limites coincidem com os limites da ZEC incluindo também a área marinha a Sul até à batimétrica dos 50 metros (Decreto Regulamentar Regional nº3/2014/M, de 3 de março de 2014). Em 2015, os limites da ZEC foram alterados passando a incluir uma área de 1320ha (Resolução nº1226/2015, de 29 de dezembro de 2015). 
 
Está ainda classificada, pela Birdlife Internacional, como IBA (Important Bird Area), por ser um local de nidificação de algumas aves marinhas protegidas.
 
Desde 2011, toda a área de Parque Natural da Madeira no concelho de Santana é Reserva da Biosfera.