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O território da Região Autónoma da Madeira apresenta espaços classificados incluídos na Rede Natura 2000, quer ao abrigo da Diretiva Habitats (11 Zonas Especiais de Conservação - ZEC e 7 Sítios de Importância Comunitária - SIC) quer ao abrigo da Diretiva Aves (5 Zonas de Proteção Especial - ZPE).
Em 2016 Região Autónoma da Madeira aprovou a inclusão do Sítio Cetáceos da Madeira através da resolução n.º 699/2016 , sendo posteriormente aprovada pela Decisão de execução (UE) 2019/20 da Comissão de 14 de dezembro de 2018 que adota a sétima atualização da lista dos sítios de importância comunitária da região biogeográfica macaronésica e que está publicada em https://ifcn.madeira.gov.pt/biodiversidade/rede-natura-2000/classificacao-da-rede-natura-2000-europeu.html
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| ÁREA | TIPO CLASSIFICAÇÃO |
| Maciço Montanhoso Central | Área Classificada de ZEC e ZPE apenas a zona oriental, totalmente incluída no PNM |
| Laurissilva | Área Classificada de ZEC e ZPE, maioritariamente incluída no PNM |
| Ponta de S. Lourenço | Área Classificada de ZEC, parcialmente incluída no PNM e ZPE |
| Ilhéu da Viúva | Área Classificada de ZEC, sobrepõe à Reserva Natural da Rocha do Navio |
| Achadas da Cruz | Área Classificada de ZEC |
| Moledos | Área Classificada de ZEC |
| Pináculo | Área Classificada de ZEC |
| Pico Branco (Porto Santo) | Área Classificada de ZEC |
| Ilhéus do Porto Santo | Área Classificada de ZEC, incluída na Rede de Áreas Marinhas Protegidas do Porto Santo |
| Ilhas Desertas | Área Classificada de ZEC (sobrepõe à Reserva Natural das Ilhas Desertas) e ZPE |
| Ilhas Selvagens | Área Classificada de ZEC (sobrepõe à Reserva Natural das Ilhas Selvagens) e ZPE |
| Paul do Mar — Jardim do Mar | Área Classificada de SIC |
| Ribeira Brava | Área Classificada de SIC |
| Cabo Girão | Área Classificada de SIC |
| Caniço de Baixo | Área Classificada de SIC |
| Porto Novo | Área Classificada de SIC |
| Machico | Área Classificada de SIC |
| Pico do Facho | Área Classificada de SIC |
| Cetáceos Madeira | Área Classificada de SIC |
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Decreto-Lei n.º 156-A/2013, de 8 de novembro, que procede à segunda alteração ao Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de abril
Decreto Legislativo Regional nº5/2006/M - Adapta à RAM o Decreto-Lei nº 140/99, de 24 de Abril, alterado pelo Decreto-Lei nº 49/2005, de 24 de fevereiro.
Decreto-Lei nº49/2005, de 24 de fevereiro - Altera o Decreto-Lei nº140/99 e procede à revisão da transposição para o direito interno das diretivas comunitárias relativas à conservação das aves selvagens (diretiva aves) e à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens (diretiva habitats).
Decreto-Lei nº140/99, de 24 de abril - procede à transposição para o ordenamento jurídico português da Diretiva nº79/409/CEE, do Conselho, de 2 de abril, relativa à conservação das aves selvagens (diretiva aves) e da Diretiva nº92/43/CEE, do Conselho, de 21 de maio, relativa à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens (diretiva habitats).
