O território da Região Autónoma da Madeira apresenta espaços classificados incluídos na Rede Natura 2000, quer ao abrigo da Diretiva Habitats (11 Zonas Especiais de Conservação - ZEC e 7 Sítios de Importância Comunitária - SIC) quer ao abrigo da Diretiva Aves (5 Zonas de Proteção Especial - ZPE).

Em 2016 Região Autónoma da Madeira aprovou a inclusão do  Sítio Cetáceos da Madeira através da resolução n.º 699/2016 , sendo posteriormente aprovada pela Decisão de execução (UE) 2019/20 da Comissão de 14 de dezembro de 2018 que adota a sétima atualização da lista dos sítios de importância comunitária da região biogeográfica macaronésica e que está publicada em https://ifcn.madeira.gov.pt/biodiversidade/rede-natura-2000/classificacao-da-rede-natura-2000-europeu.html