Vale da Castanheira	Acesso ao topo da Deserta Grande	Topo da Deserta Grande	Marco geodésico na Deserta Grande

As Ilhas Desertas encontram-se legalmente protegidas desde 1990, com a criação da Área de Proteção Especial. A grande motivação para a proteção destas ilhas foi a necessidade urgente em preservar uma pequena colónia de foca-monge do Mediterrâneo, vulgarmente conhecida como lobo-marinho, cujo projeto para a sua conservação se iniciou em 1988. Desde então estas ilhas passaram a ter uma vigilância permanente que é efectuada pelo Corpo de Vigilantes da Natureza.

Em 1992, foram classificadas de Reserva Biogenética pelo Conselho da Europa, como reconhecimento do grande interesse do seu Património Natural, bem como do trabalho desenvolvido em prol da Conservação.

Em 1995, foram classificadas como Reserva Natural.

Em 1996, iniciou-se um projeto designado de "Recuperação dos Habitats Terrestres da Deserta Grande". Neste projeto foram desenvolvidos esforços para a erradicação dos mamíferos introduzidos na Deserta Grande, tendo-se verificado a erradicação do coelho e a redução dos efectivos de cabra e murganho.

Em 1997 foi construída, na Doca - Deserta Grande, uma unidade de reabilitação para lobos-marinhos, para recuperar eventuais animais debilitados. Por esta unidade já passou uma cria, a "Autonomia", que foi recuperada com sucesso. Foi também nesta unidade que a tão famosa reprodutora "Desertinha" recebeu os seus últimos cuidados.

Entre 2006 e 2010, decorreu no Bugio um projeto designado de "SOS Freira do Bugio". O grande objetivo deste projeto, foi criar condições para que a população de freira-do-Bugio e o seu habitat atingissem um estatuto de conservação favorável, estável e auto sustentável.

As Ilhas Desertas integram a Rede Natura 2000, como Zona Especial de Conservação (ZEC) e Zona de Proteção Especial (ZPE) tendo esta área sido alargada em 2014 para um total de ZPE de 76.462ha. São igualmente uma "Important Bird Area" (IBA), em português, "Área Importante para as Aves". Todo este reconhecimento deve-se ao facto das Ilhas Desertas combinarem uma variedade de factores, nomeadamente: localização geográfica, isolamento e condições de colonização muito difíceis. Assim sendo, estas Ilhas apresentam habitats e espécies que são representativos e importantes para a conservação in situ da biodiversidade, particularmente dos que são vulneráveis a nível Mundial como sejam o lobo-marinho e a freira-do-bugio.

Recebeu o Diploma Europeu do Conselho da Europa para as áreas Protegidas em março de 2014.