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O território da Região Autónoma da Madeira apresenta espaços classificados incluídos na Rede Natura 2000, quer ao abrigo da Diretiva Habitats (11 Zonas Especiais de Conservação - ZEC e 7 Sítios de Importância Comunitária - SIC) quer ao abrigo da Diretiva Aves (5 Zonas de Proteção Especial - ZPE).

Em 2016 Região Autónoma da Madeira aprovou a inclusão do  Sítio Cetáceos da Madeira através da resolução n.º 699/2016 aguardando decisão final da Comissão.

ÁREA TIPO CLASSIFICAÇÃO
Maciço Montanhoso Central Área Classificada de ZEC e ZPE apenas a zona oriental, totalmente incluída no PNM
Laurissilva Área Classificada de ZEC e ZPE, maioritariamente incluída no PNM
Ponta de S. Lourenço Área Classificada de ZEC, parcialmente incluída no PNM e ZPE
Ilhéu da Viúva Área Classificada de ZEC, sobrepõe à Reserva Natural da Rocha do Navio
Achadas da Cruz Área Classificada de ZEC
Moledos Área Classificada de ZEC
Pináculo Área Classificada de ZEC
Pico Branco (Porto Santo) Área Classificada de ZEC
Ilhéus do Porto Santo Área Classificada de ZEC, incluída na Rede de Áreas Marinhas Protegidas do Porto Santo
Ilhas Desertas Área Classificada de ZEC (sobrepõe à Reserva Natural das Ilhas Desertas) e ZPE
Ilhas Selvagens Área Classificada de ZEC (sobrepõe à Reserva Natural das Ilhas Selvagens) e ZPE
Paul do Mar — Jardim do Mar Área Classificada de SIC
Ribeira Brava Área Classificada de SIC
Cabo Girão Área Classificada de SIC
Caniço de Baixo Área Classificada de SIC
Porto Novo Área Classificada de SIC
Machico Área Classificada de SIC
Pico do Facho Área Classificada de SIC
Cetáceos Madeira Área Classificada de SIC (aguarda decisão final da comissão)

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Decreto-Lei n.º 156-A/2013, de 8 de novembro, que procede à segunda alteração ao Decreto-Lei n.º 140/99, de 24 de abril

Decreto Legislativo Regional nº5/2006/M - Adapta à RAM o Decreto-Lei nº 140/99, de 24 de Abril, alterado pelo Decreto-Lei nº 49/2005, de 24 de fevereiro.

Decreto-Lei nº49/2005, de 24 de fevereiro - Altera o Decreto-Lei nº140/99 e procede à revisão da transposição para o direito interno das diretivas comunitárias relativas à conservação das aves selvagens (diretiva aves) e à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens (diretiva habitats).

Decreto-Lei nº140/99, de 24 de abril - procede à transposição para o ordenamento jurídico português da Diretiva nº79/409/CEE, do Conselho, de 2 de abril, relativa à conservação das aves selvagens (diretiva aves) e da Diretiva nº92/43/CEE, do Conselho, de 21 de maio, relativa à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens (diretiva habitats).